Wieś istnieje już od XIV wieku, najstarsze informacje o niej pochodzą z 1337 i 1349 roku. Wówczas  wieś liczyła 64 łany i należała do rodziny Guntersbergów, wkrótce przeszła we władanie rodu Wedlów z Tuczna i pozostała ich własnością do XVIII wieku. W 1514 roku o Marcinkowice wybuchł ostry spór miedzy linią Wedlów tuczyńskich i mirosławieckich. Rok 1610 przyniósł wielki pożar, który zniszczył całą wieś, która jednak została dość szybko odbudowana. Andrzej Wedel-Tuczyński ufundował w Marcinkowicach w ramach akcji kontrreformacyjnej a jednocześnie jako wotum bitwy pod Sztumem kościół pw. św. Katarzyny. Został on wybudowany w stylu późnogotyckim w latach 1627-1628 z kamienia granitowego, jako jednonawowy, z dużą wieżą po zachodniej stronie. Kościół ten obecnie jest jednym z cenniejszych zabytków w regionie waleckim. W wieku XVIII istniał w Marcinkowicach okazały dwór, w którym rezydowali właściciele majętności tuczyńskiej: Mycielscy, Ponińscy, Skoroszewscy. W tych czasach (zapiski z 1789 roku) wieś liczyła 55 domostw. Do początków XX stulecia tutejszy majątek stanowił część dóbr tuczyńskich  a w XIX wieku był nawet główną rezydencją właścicieli Tuczna, gdyż zamek w Tucznie nie nadawał się już do zamieszkania.

  Po 1945 roku w dworze znajdowała się siedziba PGR-u, tu właśnie umieszczono biura jednego z największych w okolicy kombinatów rolnych, gospodarującego na 9.500 ha gruntów a następnie do 1991 roku, Kombinatu PGR Marcinkowice. Przy szosie prowadzącej do Tuczna znajduje się figurka św. Jana Nepomucena z 1775 roku. Na plebani zachowały się ciekawe dokumenty inwentarzowe z XVIII wieku. Przy zespole pałacowym zachowała się stara budowla gorzelni. Na przykościelnym placu, będącym dawniej cmentarzem, rośnie sporo wiekowych drzew, a największe z nich – lipa, ma pierśnicę o obwodzie powyżej 5 metrów. Warto wspomnieć także o 4-hektarowym dworskim parku z bogatym drzewostanem rodzimym i egzotycznym oraz częściowo zachowanymi dawnymi założeniami parkowymi. Rosną tu stare drzewa takie jak platany, buki, lipy drobnolistne. Do roku 1981 istniała tu słynna hodowla bażantów i ośrodek myśliwski przeznaczony dla dewizowych gości.

    Warte uwagi jest grodzisko podkowiaste, znajdujące się  między Marcinkowicami a Rzeczycą na zachodnim brzegu niewielkiego jeziora. Obwód wału grodziska wynosi 54 m, jego średnica sięga zaś kilkunastu metrów. W jeziorze zachowały się jeszcze pale, będące pozostałością pomostu łączącego istniejący tu niegdyś gród z drugim brzegiem jeziora. Jak wynika z badań archeologicznych gród ten uległ zniszczeniu wskutek pożaru.